남북정상회담은 김만복 국정원장이 지난 2∼3일과 4∼5일 두 차례에 걸쳐 노무현 대통령의 특사 자격으로 비공개 방북, 대통령의 친서를 김정일 위원장에게 전달함으로써 남북정상회담 개최에 합의한 것으로 밝혀졌다.

김만복 국정원장은 8일 오전 청와대에서 가진 남북정상회담 개최 기자회견에서 "7월초 우리측은 남북관계 진전 및 현안 사항 협의를 위해 김만복 국정원장과 김양건 통일전선부장간의 고위급 접촉을 제안했고, 북측은 이에 대해 7월29일 김양건 통전부장 명의로 '8월2∼3일 국정원장이 비공개로 방북해 줄 것'을 공식 초청해왔다"고 밝혔다.

김 원장은 이에 따라 대통령 특사자격으로 두차례 비공개 방북했다며 "1차 방북(8월2∼3일)시 김양건 통전부장은 김정일 위원장의 중대제안 형식으로 '8월 하순 평양에서 수뇌 상봉을 개최하자'고 제의해 왔다"고 밝혔다.

김 원장은 3일 서울로 돌아온 후 노 대통령에게 이를 보고, 노 대통령이 북측 제의를 수용토록 지시함에 따라 김 원장은 4∼5일 2차 방북, 북측의 남북정상회담 개최 제안을 수용한다는 노 대통령의 친서를 김양건 통전부장을 통해 김정일 위원장에게 전달했다. 이를 바탕으로 남북 양측은 `8월 28∼30일 평양에서 제2차 정상회담을 개최한다'는 남북합의서를 국정원장과 통전부장 명의로 지난 5일 서명했다고 김 원장은 밝혔다.

정부는 이에 8일 오전 7시부터 8시15분까지 청와대에서 노무현 대통령 주재로 2007년도 제2차 국가안전보장회의를 개최해 2차 남북정상회담 건을 보고하고 심의의결한 뒤, 이날 오전 10시 남북한이 사전합의한대로 남북정상회담 개최를 공식발표했다.

기자회견에 배석한 이재정 통일부장관은 회담 의제와 관련해선 "남북정상회담에서 논의될 의제는 북측과 준비 접촉을 통해 충분히 조율해 나갈 것"이라며 "구체적으로 어떤 의제인가를 말하는 것은 어렵지만 이 의제가 구체화되는 대로 말씀드리겠다. 의제 설정과정에서는 자문단의 의견도 충분히 반영될 수 있도록 노력하겠다"며 구체적 직답을 피했다.