민주통합당 진선미 의원은 18일 국회 기자회견을 통해 원 원장이 취임한 2009년 2월부터 올해 1월 28일까지 국정원 인트라넷에 게시된, 최소 25건의 '원장님 지시·강조 말씀' 자료 문건을 공개했다. 원 원장 지시는 각 부서장과 지역지부장이 참석한 회의에서 내려진 것들이다.

문건에 따르면 원 원장은 지난 2010년 7월19일 '국정원 여직원 댓글 사건'과 연관된 대북심리전단 활동과 관련해 "(대북)심리전단이 보고한 '젊은층 우군화 심리전 강화방안'은 내용 자체가 바로 우리 원이 해야할 일이라는 점을 명심할 것"이라고 지시했다.

원 원장은 이어 지난해 5월 18일에는 "종북세력들이 사이버 공간에서 선전·선동하며 국정운영을 방해, 좌시해서는 안됨"이라고, 11월 23일에는 "종북 세력들은 사이버상에서 국정 폄훼활동을 하는 만큼 선제적으로 대처해야 함"이라고 지시했다.

그는 2010년초 박근혜 대통령이 의원 시절 강력 반대해 좌절시킨 '세종시 수정'에 대해선 그해 1월 22일 "세종시 등 국정현안에 대해 반대를 위한 반대를 일삼는 좌파단체들이 많은데, 보다 정공법으로 대응할 필요가 있음. 우리원이 앞장서서 대통령님과 정부정책의 진의를 적극 홍보하고 뒷받침해야 할 것"이라고 지시했고, 그해 4월16일에도 "세종시·4대강 등 주요현안에도 (국정)원이 확실하게 중심을 잡고 대처해주기 바람"이라고 지시했다.

그는 19대 총선 직후인 지난해 4월 20일에는 "선거 결과 다수의 종북 인물들이 국회에 진출함으로써 국가정체성 흔들기·(국정)원에 대한 공세가 예상되니 대처할 것"이라고 야당 의원들 상당수를 종북 인물로 규정하기도 했다.

그는 국민적 저항에도 이명박 당시 대통령이 밀어붙인 4대강 사업에 대해선 지난해 9월14일 "4대강 그랜드 오픈이 한달여 정도 남았는데 지역단체·언론 등을 통해 행사가 잘 마무리 될 수 있도록 사전 면밀 점검하고, 관계기관에 지원하여 국책사업이 국민들로부터 좋은 평가를 받도록 할 것"이라고 지시했다.

그는 이밖에 2010년 3월19일에는 “일부 종교단체가 종교 본연의 모습을 벗어나 정치활동에 치중하는 것에 대해 바로잡으려는 노력이 필요함"이라고 지시하기도 했다.

그는 또 지난해 2월18일에는 "종북세력 척결 관련, 북한과 싸우는 것보다 민주노총·전교조 등 국내 내부의 적과 싸우는 것이 더욱 어려우므로 확실한 징계를 위해 직원에게 맡기기보다 지부장들이 유관기관장에게 직접 업무를 협조하길 바람"이라고 지시했다.