1998년 신 한일어업협정 관련자들에 대한 책임론 및 협정 폐기 주장이 열린우리당 의원에 의해 제기됐다. 그러나 일각에서는 독도 수로 탐사를 둘러싼 한일 협상이 우리측의 완패로 끝났다는 비난여론이 들끓고 있는 시점에, 협상 과정에 대한 자성이 전제되지 않고 이런 지적이 나온 대목에 대해 곱지 않은 시선도 던져지고 있다.

열린우리당 김태홍 의원은 24일 평화방송 '열린세상 오늘, 장성민입니다'와의 인터뷰에서 "한국정부가 1998년 울릉도를 기점으로 중간수역 협정을 체결했다는 것은 정말 가만히 두면 안되는 일"이라며 "98년 한일 어업협정 관련자들에 대한 조사와 처벌 그리고 협정 폐기 선언이 불가피하다"고 주장했다.

김 의원은 관련자 책임론과 관련, "외교부 결정 과정에 어떤 교수의 자문을 그 전부터 받아왔다고 한다"며 "지금도 우리나라 안에는 일본의 로비스트들이 활개를 치고 국내 유명대학들이 수년전부터 연구자금을 받아 사퇴하는 등 문제가 많아 국정조사 등이 요구된다"고 주장했다.

그는 또 협정폐기와 관련, "협정 폐기는 지난 2002년부터 한일 양국 간 일방의 선포만으로 가능하도록 해당 법문에 명시돼 얼마든지 가능하다"며 "지금 가장 시급한 일"이라고 강조했다.

김 의원은 특히 협정이 IMF사태로 인한 일본의 경제 지원 등 불가피한 측면이 있다는 주장에 대해 "일본은 1996년부터 독도를 기점으로 선언하고 우리정부는 이듬해 울릉도를 기점으로 선언했는데 이는 IMF 이전"이라며 "울릉도를 기점으로 해서 EEZ(배타적 경제수역) 선언을 했다는 것에 엄정한 조사를 해봐야 한다"고 주장했다.

국민의 정부 당시 한일간 '신 어업협정'체결 과정에 대해 시민단체와 야당에서는 여러 차례 문제점을 지적하는 목소리가 나왔으나, 여당 내에서 관련자들에 대한 국정조사를 요구하기는 이번이 처음으로 향후 정부여당의 대응이 주목된다. 그러나 일각에서는 일본의 독도수로 탐사 계획으로 불거진 한일 외교협상에서 우리 정부가 완패를 당한 게 아니냐는 비판이 쏟아지고 있는 가운데, 외교부의 협상 태도에 대한 비판이 선행돼야 하지 않았냐는 지적도 나오고 있다.