국방부가 국정원의 인도네시아 특사단 숙소 잠입 사건을 경찰에 신고하기 6시간 전에 이 사건을 내부적으로 파악하고 있었던 것으로 알려져 은폐 논란이 일고 있다.

앞서 국방부와 경찰은 국정원 잠입 파문이 기사화된 직후인 지난 21일 언론 브리핑에서 인도네시아 주재 우리 국방부 소속 무관이 인도네시아 무관의 항의에 따라 사건 발생 9시간 만인 16일밤 11시 15분쯤 112에 최초 신고했다고 밝혔다.

그러나 국방부 관계자는 지난 22일 YTN과의 인터뷰에서 "사건이 일어난 16일 오후 6시 쯤 군 관계자가 괴한의 침입 사실과 함께 경찰에서 수사중이라는 사실을 이미 지휘계통에 보고했다"며 "또 당일 63빌딩에서 열렸던 세미나에 참가중이던 국방부 고위 인사에게 보고가 이뤄졌고, 기무사 역시 보고 사실은 물론 사건 개요를 사전에 파악했던 것으로 안다"고 말했다.

김관진 국방장관도 25일 국회 대정부 답변에서 "사건 발생 다음날인 17일 아침에 조찬이 끝난 다음 8시쯤에 보고 받았다"면서도 국방차관이 보고받은 시점에 대해선 "전날 저녁"이라고 답해, 국방부의 최초 인지 시점이 17일 자정이 아닌 그보다 이전이었음을 시인했다.

박선숙 민주당 의원은 이에 "왜 하룻밤 동안에 차관이 장관에게 보고하지 않았느냐?"고 묻자, 김 장관은 "차관이 단순 절도사건으로 보고 자체처리가 가능하다고 판단했기 때문"이라고 답했다.

최재성 민주당 국회 정보위원회 간사는 이에 기자들과 만나 "언론보도대라면 국방부 발표보다 6시간전에 국방부가 해당 사건을 인지하고 있었다는 얘기가 된다. 정부와 국방부의 해명을 뒤집는 매우 중요한 증거"라며 "경찰에 사건이 공식 신고되기 전인 최소 6시간 동안 국정원은 당연하고, 국방부, 기무사, 경찰 등 다른 사정라인도 사건을 다 알고 있었을 가능성이 크다"고 주장했다.

그는 "각 라인에서 사건을 인지하고 있었음에도 이 사건이 보도된 것은 각 기관간의 조율과정이 있었으며 이번 사건을 오픈 하려는 세력과 덮으려는 세력간에 조정이 실패했을 가능성이 있음을 의미한다"며 은폐의혹을 제기했다.