한국수자원공사, 국토연구원, 건설기술연구원 등 정부 산하기관 세 곳이 합동으로 '경부 운하 타당성 보고서'를 작성한 사실이 드러나자 이명박 전 서울시장측은 즉각 청와대 지시에 의한 "정치기획용"이라고 반격을 가하고 나섰다.

이명박 캠프 박형준 대변인은 4일 논평을 통해 "보고서에는 매우 이례적으로 청와대 참모들이 대통령을 지칭할 때 사용하는 용어(VIP)가 등장하는 등 청와대가 관련된 흔적도 역력하다"며 "순수한 연구 목적의 보고서가 아니라 청와대가 직접 주문 생산을 의뢰하고, 관계기관이 총동원되다시피 해 만든 정치공작용 기획 보고서라고 볼 수밖에 없다"고 의혹을 제기했다.

그는 특히 "지난 2일 노무현 대통령이 ‘참여정부 평가포럼’ 강연에서 대운하에 대해 노골적인 비난을 퍼부은 것은 이 같은 정치공작의 맥락에서 비롯된 이명박 죽이기 신호탄으로 이해할 수밖에 없다"며 "노무현 대통령이 정권연장을 위해 노골적 대선개입에 직접 나선 것"이라고 주장했다. 그는 이어 "도대체 누가, 어떤 목적으로 대운하프로젝트 파괴 공작 조사를 지시했고, 관계기관들은 왜 비밀리에 조사에 착수했으며, 왜 보고서 내용을 극비에 붙였는지 분명히 밝혀야 한다"고 진상 조사를 촉구하기도 했다.

그는 또 "아울러 우리는 박근혜 후보 측이 노무현 정권이 이런 불순한 의도에서 만든 보고서를 입수, 아군을 공격하는 무기로 활용하고 있는 것은 아닌지 의문을 갖고 있다"며 "특히 지난 31일 유승민, 이혜훈 의원이 기자회견을 통해 정부가 극비에 붙인 대운하프로젝트 조사 정보를 흘리며, '한나라당 후보 결정 후 이명박 후보에게 결정적 타격을 가하기 위한 것'이라고 말한 점에 주목한다"고 박근혜 진영에 의혹을 제기하기도 했다.