미국 국회의원 31명이 지난 4일 노무현 대통령에게 "미국산 쇠고기 수입을 연말까지 재개하지 않을 경우 한미 자유무역협정(FTA) 협상은 무산될 것"이라는 협박성 서한을 보낸 데 대해 정부 관계자들이 일제히 "쇠고기 수입 재개와 한미FTA는 별개의 문제"라며 강력반발하고 나섰다.

박현출 농림부 축산국장은 9일 오전 KBS라디오 '안녕하십니까 이몽룡입니다'와의 인터뷰에서 미 의원들의 서한 발송을 "하나의 정치적 행위로 보고 있다"며 "미국 쇠고기 수입 재개 문제는 국민들의 건강과 직결되는 문제이기 때문에 FTA와 연결될 수 없다"고 일축했다.

박국장은 "다른 쪽에서 어떤 표현을 썼다 하더라도 우리로서는 FTA와 연결해서는 안 된다"며 "만약에 FTA와 연결해서 어떤 정치적 압력에 의해서 이 문제가 해결이 된다고 한다면은 한국의 소비자들로부터 미국의 쇠고기가 완전히 외면을 당할 것이다. 그것은 한미간에 서로 좋지 않은 결과를 가져올 것이다. 그래서 (한-미) 협상 당사자들 간에는 처음부터 거기에 대해서는 명확한 분리 원칙을 세워서 그 동안에 협상에 임해 왔다"고 밝혔다.

김성진 재정경제부 국제업무정책관(차관보)도 이날 오전 불교방송 `아침저널`과의 인터뷰에서 "자국 특정업계의 이익을 대변하는 미국의회의 성격상 그런 편지를 보낼 순 있지만, 우리 정부는 이에 구애받지 않을 것"이라며 "미국산 쇠고기 수입 재개 여부는 국민 건강을 최우선으로 고려해 한-미 자유무역협정(FTA)와는 별개로 추진하겠다"고 밝혔다. 그는 "정부는 미국산 쇠고기 수입문제를 철저하게 국민 건강을 최우선으로 고려하면서 FTA와 무관하게 추진할 것"이라고 재차 강조했다.