강기훈 유서대필 의혹이 공안세력의 조작사건으로 밝혀진 데 대해 당시 수사에 참여했던 검사들은 강력 반발한 반면, 강기훈씨는 당시 검사들이 일방적으로 자신을 범인으로 몰았다며 이들의 자성을 촉구했다.

당시 서울지검 강력부장으로 이 사건을 지휘한 강신욱 전 대법관은 13일 언론과의 인터뷰에서 “법원에서 유죄가 확정된 사건으로 10여년이 지나 문제를 삼는 것은 문제가 있다”면서 “특정 단체가 입맛에 맞는 결론을 얻으려고 해서는 안 된다”고 주장했다.

당시 수사검사로 참여했던 남기춘 서울북부지검 차장검사도 <연합뉴스>와 인터뷰에서 "당시에는 유서의 필적 감정 결과 뿐만 아니라 다른 여러 정황들을 종합해 검찰이 수사하고 법원이 1ㆍ2ㆍ3심을 거쳐 결론 내린 것"이라고 말했다.

그는 국과수의 감정 결과에 대해서도 "증거물로 제출되지도 않았던 김기설씨의 필적을 가져와 감정한 뒤 이것이 옛날 감정 결과와 다르다는 이유로 당시 수사와 재판을 비판하는 것은 옳지 않다"고 주장했다.

그러나 강기훈씨는 <경향신문>과 인터뷰에서 “당시 조서만 봐도 검사들은 나한테 ‘가짜 유서를 어디서 왜 썼느냐’는 질문 한번 안한 채 범인으로 몰았다”며 “수사가 얼마나 엉터리였는지 대질심문하면 바로 드러난다”고 반박했다. 그는 “인혁당 사건의 경우 당시 수사 검사나 판사가 모두 은퇴·사망한 상태에서 재심이 이뤄졌지만, 내 경우는 아직 그들이 실세”라고 말하기도 했다.

황선 민주노동당 부대변인은 13일 이와 관련, "91년에 있었던 강기훈 씨 유서대필 사건이 국면 반전을 위한 정권차원의 조작사건이었음이 밝혀졌다. 뻔 한 사실이 밝혀지기까지 너무나 긴 세월을 돌아왔다"며 "강기훈 씨는 그러나 당시 조작과 유죄판결의 공범이었던 검사와 판사들이 아직도 법조계에서 권력을 차지하고 있고 반성 한 마디 없었다는 것을 지적했다"며 가해자와 공범들에 대해 응당한 책임이 뒤따라야 한다고 지적했다.