검찰이 지난 4월 국정원을 압수수색할 때 법원에서 영장을 발부 받고도 남재준 국정원장의 반대로 국정원 메인서버를 압수수색하지 못했다는 <노컷뉴스> 보도와 관련, 민주당은 "충격적인 언론보도"라며 남 원장을 질타했다.

배재정 민주당 대변인은 논평을 통해 이같이 말한 뒤, "남재준 원장은 남북정상회담 회의록을 불법 공개했던 장본인이다. 국정원의 명예와 조직 보존을 위해서라면 국가의 이익과 국민의 권리 따위, 남 원장에게는 상관없다는 점이 다시 한 번 증명됐다"고 비난했다.

그는 "박근혜 대통령은 도대체 언제까지 남 원장을 감쌀 것인가"라며 "국정원 개혁의 첫걸음은 남 원장 해임"이라며 해임을 촉구했다.

그는 검찰에 대해서도 "국정원의 고의적이고 조직적인 방해로 검찰 수사가 철저히 진행되지 못했음이 드러난 만큼, 검찰은 반드시 보강수사를 철저히 해야 할 것"이라며 "수사가 진행되지 않거나 미진할 경우 특검을 요구하는 국민의 목소리를 잠재울 수 없을 것임"이라고 특검을 경고했다.