문재인 정부 '블랙리스트 의혹'을 수사 중인 검찰이 27일 통일부와 과학기술정보통신부를 압수수색했다.

서울동부지검 형사6부(서현욱 부장검사)는 이날 오전 9시 30분부터 정부서울청사 내 통일부와 산하 북한이탈주민지원재단(남북하나재단), 세종시에 있는 과기부와 산하 한국과학기술기획평가원 등 4곳에 검사와 수사관을 보내 소속 기관장 인사 관련 자료 등을 확보했다.

통일부는 정착지원과, 과기부는 1차관실, 혁신본부장실, 운영지원과 등이 주 타깃이 돼 밤늦게까지 압수수색이 이어졌다.

검찰 관계자는 "현재 수사 중인 산업통상자원부 사건과 시기 및 성격이 유사한 통일부, 과기부 관련 사건을 함께 처리하기 위해 통상의 절차에 따라 필요한 범위에 한정해 압수수색을 했다"고 밝혔다.

검찰이 산업부에 이어 통일부와 과기부를 대상으로 강제수사에 나서면서 '블랙리스트' 수사가 본격적으로 다른 정부 부처와 청와대 윗선으로 확대하는 것 아니냐는 분석이 나온다.

블랙리스트 의혹은 문재인 정부 집권 첫해였던 2017년, 정부 부처 관계자들이 박근혜 정권에서 임명된 국책연구기관장과 부처 산하 공공기관 기관장들에게 임기가 남았는데도 사퇴를 압박했다는 내용이다.

국민의힘 전신인 자유한국당은 2019년 3월 조명균 전 통일부 장관과 유영민 전 과기부 장관 등 11명을 직권남용 및 권리행사 방해 혐의로 서울동부지검에 고발했다.

조 전 장관과 천해성 전 통일부 차관은 2017년 7∼8월 임기를 약 1년 남긴 손광주 전 북한이탈주민지원재단 이사장에게 사퇴를 종용했다는 의혹을 받고 있다.

과기부 역시 임기철 전 한국과학기술기획평가원 원장에게 과기부 혁신본부장 등이 사퇴를 요구했다가 거절당하자 감사하겠다고 압박했다는 의혹이 불거졌다. 과기부에서는 산하 12개 공공기관장이 임기를 마치지 못하고 중도 사퇴하기도 했다.

임 전 이사장은 이날 연합뉴스 통화에서 "문재인 정부 출범 초기 지인으로부터 '지금 청와대에서 블랙리스트를 작성하는데 (내가) 들어가 있으니 조심하라'는 이야기를 들었다"고 말했다.

손 전 이사장과 임 전 이사장은 2019년 참고인 신분으로 검찰 조사를 받은 뒤 추가 조사를 받지는 않았다.

검찰은 이날 확보한 압수물 분석과 사건 관계자 조사를 통해 당시 사퇴 압박이 실제 있었는지, 청와대 내에서 조직적으로 밀어내기 작업을 계획한 것인지 등을 확인할 계획이다.

먼저 수사를 받은 백운규 전 산업부 장관은 검찰이 청구한 구속영장 심문 과정에서 '공기업 인사에는 장관 이상 청와대의 역할이 있다'는 취지로 주장하며 혐의를 부인한 것으로 전해졌다.